Durante el siglo XIX, y especialmente a partir de la implantación del liberalismo en España, los fueros de las Provincias Vascongadas y Navarra serían objeto de continuas suspensiones y limitaciones de competencias. Fueron defendidos tanto por carlistas e isabelinos neocatólicos, como por republicanos federales, así como por la mayoría de los liberales vasco-navarros.
Aunque las guerras carlistas no se iniciaron para defenderlos, los fueros permitieron a los carlistas dominar la mayor parte de Vascongadas y Navarra durante la primera y la tercera guerra carlista y los partidarios del pretendiente hicieron bandera de ellos. El convenio de Vergara de 1839 permitió conservarlos tres décadas más y en 1875 Alfonso XII ofreció nuevamente mantenerlos si los carlistas se rendían, pero estos no aceptaron. Fueron finalmente suprimidos en 1876 por Cánovas del Castillo, quien proporcionó a cambio un régimen económico especial a las cuatro provincias.